Hoy Molfetta está localizada en una gran área industrial, y es un centro comercial muy activo con un mercado íctico y fruti-hortícola entre los más florecientes della Puglia. Está rodeada también de fértiles campos de cultivo, que favorecidos por el clima atenuado y por la influencia del mar, permite que crezca una variada vegetación.
La ciudad se presenta en dos partes claramente diferenciadas: por un lado la aldea medieval con sus características calles angostas. Del otro lado un conglomerado moderno con anchas calles y edificios.
El “Pulo di Molfetta”
El territorio fue habitado desde el Neolítico en la zona del “Pulo” donde se encuentran grutas naturales y donde ha sido hallada una necrópolis. El "Pulo de Molfetta” es un gran pozo con más de 30 metros de profundidad y un diámetro de unos 150 metros, creado por la erosión del agua y el consiguiente hundimiento del suelo de piedra caliza, los primeros habitantes se asentaron allí en la prehistoria. Las paredes verticales del Pulo presentan numerosas grutas dispuestas a distintas alturas y comunicadas entre ellas. Algunas de estas grutas ofrecían reparo para los habitantes y otras eran utilizadas para usos religiosos y funerarios.
Algunos piensan que desde los asentamientos humanos en las cuevas del Pulo, se trasladaron a la costa en busca de viviendas más seguras estableciéndose en una pequeña isla separada de tierra firme por un corto tramo de mar. Sobre esta isla, llamada de San Andrea, los hombres han vivido en la época prehistórica dedicados a la agricultura, caza, pesca y ganadería. La hipótesis más aceptada hoy es que en ese lugar fue fundada Molfetta por los griegos alrededor del siglo IV a. C., el nacimiento de la ciudad, es casi seguro debe estar conectado a la fase histórica ligada a los orígenes de la civilización mediterránea. Alrededor del siglo VII. a. C. se inició la migración de las colonias griegas a los territorios del sur de Italia, Molfetta también fue influenciada por el helenismo, como lo demuestra los templos dedicados a las diosas Ceres, Venus y Juno.
A los griegos los sucedieron los romanos, bajo el dominio de Roma se aprobaron leyes e incluso el escudo de armas, un escudo rojo cruzado por una banda blanca con la sigla S.P.Q.M., rematada por una corona con cinco puntos; la muralla de la ciudad fue fortificada, y las dos entradas principales equipadas con puentes levadizos.
Bajo el dominio de los normandos en el siglo XI, Molfetta goza de una discreta autonomía que contribuyó a su desarrollo económico. En el transporte marítimo se convierte en paso obligado de importantes embarcaciones como las de los comerciantes venecianos, amalfitanos, eslavos y griegos que construyeron en su territorio depósitos de mercancías.
Molfetta vivió en la época una tragedia similiar a aquella que sufrió Roma con el Saqueo de los Lanzichenecchi. La mañana del 18 de julio de 1529 las tropas venecianas y francesas fueron protagonistas del saqueo de Molfetta que se saldó con la muerte de 1000 habitantes durante los dos largos días que duraron las represalias.Con el tratado de Utrech estipulado en 1714 entre los Habsburgo y los Borbones el sur de Italia pasó a los Habsburgo que lo mantuvieron hasta la llegada de los Borbones en el 1734. También pasó por un periodo floreciente con Carlos de Borbón.
Con Umberto I tuvo un desarrollo industrial de grandes proporciones.
En octubre de 1860 mediante voto plebiscitario se decidió la anexión del Reino de las Dos Sicilias al Reino de Italia (1861).Durante la Primera Guerra Mundial Molfetta fue bombardeada por una unidad naval y aérea austriaca que causaron la perdida de civiles y considerables daños a la ciudad.